Σύμφωνα με τον Γύλλιο είναι ο Άγιος Θεόδωρος πλησίον του Χαλκού Τετραπύλου. Κατ' άλλους είναι γνωστή ως Άγιος Θεόδωρος τα Καρβουνάρια. Η τουρκική ονομασία Kilise camii, Molla Gurani camii, Vefa Kilise camii.
Στα θεμέλια της εκκλησίας έχουν βρεθεί ερείπια κτιρίου του 5ου αι.χωρίς να έχει εξακριβωθεί ποιανού κτιρίου είναι. Κατά τον 10ο-11ο αι στην δυτική πλαγιά του τρίτου λόφου χτίστηκε αυτή η εκκλησία σε σταυροειδές σχήμα με τέσσερις κολόνες και τρεις αψίδες, με νάρθηκα και έχοντας πλαϊνό παρεκκλήσι στο νότιο τμήμα της. Το διώροφο κτίσμα που υπάρχει στη βόρεια πλευρά του νάρθηκα μάλλον χτίστηκε αργότερα. Οι υπόγειες δεξαμενές που βρέθηκαν σε απόσταση 75 μ. νότια από την εκκλησία αλλά και στα βορειοδυτικά της δεν έχει εξακριβωθεί αν ανήκαν στο συγκρότημα του μοναστηριού.
Το πρώτο μισό του 14ου αι. χτίστηκε ένας εξωτερικός νάρθηκας. Από τους τρεις κουμπέδες αυτού του νάρθηκα στους δύο σώζονται ακόμα μωσαϊκά (η Θεοτόκος, Προφήτες και βασιλιάδες). Στο ίδιο περίπου χρονικό διάστημα στα νότια χτίστηκε είσοδος συνδεόμενη με μια καμάρα και κουμπέ. Το τετραγωνικό κτίσμα στα νότια του κτιρίου είναι σχετικό με αυτή την περίοδο και μάλλον πρόκειται για το καμπαναριό της εκκλησίας.
Τα μωσαϊκά στον τρούλο καθαρισμένα και σήμερα ασβεστωμένα.
Το δεύτερο μισό του 15ου αι. η εκκλησία μετατρέπεται σε τζαμί από τον Σεϊχουλισλάμ Molla Gurani Semseddin Efendi. Αυτό το διάστημα έγιναν κάποις αλλαγές στο κτίσμα και χτίστηκε ο μιναρές στο νοτιοανατολικό άκρο.
Το κτίριο έπαθε ζημιές εξαιτίας της πυρκαγιάς του 1833 και έτσι έγιναν επιδιορθώσεις το 1848, το παλιό παρεκκλήσι γκρεμίστηκε και έγιναν και άλλες αλλαγές οι οποίες εξαφάνισαν τα μωσαΙκά που υπήρχαν στην πύλη εισόδου.
Σε ανασκαφικές εργασίες που έγινα το 1937 καθαρίστηκαν τα μωσαϊκά που βρίσκονται στο νότιο κουμπέ του εξωτερικού νάρθηκα. Εργασίες ξαναέγιναν το 1972-73.
Σήμερα (Μάρτιος του 2013) το τζαμί είναι κλειστό και μάλλον θα γίνουν εργασίες καθαρισμού όπως φαίνεται και από τον καθαρισμό της γύρω από αυτό περιοχής.
