Η εκκλησία χτίστηκε την εποχή των Κομνηνών από τον Ιωάννη Κομνηνό και τη σύζυγό του Άννα Δούκαινα.Κάτω από την εκκλησία υπάρχει δεξαμενή και πιθανότατα υπήρχε και μια κρύπτη.Το σχέδιο του ναού ήταν με περιστύλιο, δηλαδή μια τριπλή στοά στα βόρεια, τα δυτικά και τα νότια, χώριζε το κεντρικό τμήμα με τον τρούλο από το περιστύλιο. Στην ανατολική πλευρά υπήρχαν οι τρεις αψίδες του ιερού και στα δυτικά ένας μονός νάρθηκας.
Την εποχή της Λατινοκρατίας δεν έγινε καμμιά αλλαγή στο ναό. Προς το τέλος του 13ου αι. γύρω στα 1290 και μετά ο ναός ανακαινίστηκε από τον στρατηγό Μιχαήλ Δούκα Γλάβα Ταρχανιώτη.Μάλιστα τα χρόνια εκείνα ο ηγούμενος του μοναστηριού Κοσμάς το1294 εκλέχτηκε πατριάρχης ως Ιωάννης ΙΒ'.
Η επέκταση της εκκλησίας συνεχίστηκε και τα κατοπινά χρόνια. Μετά τον θάνατο του Ταρχανιώτη η χήρα του Μαρία Δούκαινα Κομνηνή Παλαιολογίνα Βλάχαινα έχτισε στο νότιο τμήμα της εκκλησίας ένα παρεκκλήσι ως νεκρικό θάλαμο για τον άντρα της.
Το παρεκκλήσι αυτό ανήκε στον τετράστυλο τύπο κι είχε από μπροστά διώροφο νάρθηκα με ένα μικροσκοπικό τρούλο. Στο δεύτερο μισό του 14ου αι. ο ναός περιστοιχίστηκε από βορρά, δύση και νότο με περιστύλιο, το οποίο συναντούσε και σχεδόν κάλυπτε το νότιο παρεκκλήσι. Στα γραφόμενα των περιηγητών των χρόνων εκείνων αναφέρεται ότι υπήρχε πλούσιος στολισμός με πορτρέτα αυτοκρατόρων και τοιχογραφίες αποστόλων.
Λίγο καιρό μετά την άλωση ο πατριάρχης Γεννάδιος μεταφέρει εδώ το Πατριαρχείο εγκαταλείποντας το ναό των Αποστόλων, τις λίγες μοναχές που βρισκόταν ακόμα στη μονή τις μεταφέρει στο μικρό γειτονικό μοναστήρι του Αγίου Ιωάννη εν Τρούλλω.Η μονή χρησιμοποιούμενη πλέον ως Πατριαρχείο επεκτάθηκε με κελλιά, τραπεζαρία , φούρνο και κουζίνα. Οι τοίχοι που την περιτριγύριζαν δυναμώθηκαν. Αυτήν την περίοδο μεταφέρθηκαν εδώ τα εναπομείναντα λέιψανα της αγίας Σαλώμης, Ευφημίας και του Ιωάννη του Χρυσοστόμου καθως και τα οστά του αυτοκράτορα Αλέξιου Α Κομνηνού από τη μονή του Παντοκράτορα που μετατράπηκε σε τζαμί. Στη μονή συνέχισαν να ενταφιάζονται οι αριστοκράτες.
Το 1591 ο σουλτάνος Μουράτ Γ μετέτρεψε το ναό σε τέμενος με το όνομα Fethiye camii (τζαμί της νίκης),σε ανάμνηση της νίκης του επί του Αζερμπαϊτζάν και της Γεωργίας. Εκείνη την εποχή το κτίριο αλλοιώθηκε ριζικά προκειμένου να δημιουργηθεί μια αίθουσα προσευχής με όσο το δυνατό μεγαλύτερο χώρο. Η κύρια αίθουσα προσευχής χωρίστηκε από το παρεκκλήσιο.
Το 1640 σε φωτιά που εκδηλωθηκε στο Μπάλατ το τζαμί έπαθε ζημιές που επισκευάστηκαν αμέσως. Το 1845-46 εργασίες επισκευής έγιναν από το σουλτάνο Αμπντούλ Μετζήτ και κάποια μπροστινά στέγαστρα που υπήρχαν γκρεμίστηκαν.
Μετά το 1938 έγιναν έγιναν πάλι εργασίες επισκευής.Το παρεκκλήσι και ο νότιος νάρθηκας παραχωρήθηκαν στη διεύθυνση του μουσείου, όμως το κύριο κτίριο συνεχίζει να λειτουργεί ως τζαμί.
Το παρεκκλήσι σήμερα λειτουργεί ως μουσειακός χώρος ο οποίος περιλαμβάνει μερικά από τα ωραιότερα βυζαντινά ψηφιδωτά.
Δεν υπάρχουν σχόλια:
Δημοσίευση σχολίου